Amazon Quick Suite の Quick Flows でゲノム解析用の公開データセットを探してみた
はじめに
Amazon Quick Suite の大学・研究機関向けのウェビナーで Quick Flows から Open Data Registry の活用事例を知りました。ゲノム解析のためのデータセットを検索するワークフローが紹介されていたので、実際に試してみました。
検証の結果、Registry of Open Data on AWS 用の専用インテグレーションがあるわけではなくウェブ検索機能を利用しているだけでした。
Quick Flows とは
Quick Flows は Amazon Quick Suite の機能の 1 つです。自然言語でプロンプトを入力するだけで、ワークフローを自動生成できます。
ワークフローの作成
Quick Flows のプロンプト入力画面で、ワークフローを作成しました。ゲノム解析ツールに基づいて Registry of Open Data on AWS から検索・提案する設定です。
以下のワークフローが生成されました。ユーザー入力を受け付けて Registry of Open Data on AWS を検索する 6 ステップの構成です。
専用インテグレーションではなくウェブ検索を使用
ワークフローの詳細を確認したところ、専用コネクタは使われていませんでした。ウェブ検索ノードが使われているだけでした。
Quick Flows の利用可能な機能のうち、ウェブ検索が使われています。
Quick Research では、生物、医学の論文検索用に PubMed の専用コネクタが用意されたこともあり、てっきり専用インテグレーションがあるのかと考えていました。Open Data Registry は公開データなので、ウェブ検索すれば必要な結果を得られるのはその通りです。
ワークフローの実行を試してみた
ユーザー入力画面には説明書きが記載されています。何を入力すればよいか一目でわかります。
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）を例に実行してみました。
実行結果
ワークフローの実行結果を確認します。
AWS Open Data Registry でデータセットを検索した結果が表示されました。
ツール適合性評価として 95/100 のスコアが付けられています。
最適なデータセットとして NCBI BLAST Databases が提案されました。
さらに実装ガイドまで作成されました。
感想
NCBI BLAST Database が Open Data Registry にあるなら、優先度が高いと判断されたのも専門家ではない私は納得できる結果です。Registry of Open Data on AWS に実際に存在しているのか確認したところありました。
実際のデータにアクセスしてみる
Quick Flows が提案した NCBI BLAST Databases の S3 バケットへ AWS CLI でアクセスしてみました。提案された方法で S3 バケットにアクセスでき、データが存在することを確認できました。
$ aws configure set region us-east-1
$ aws s3 ls s3://ncbi-blast-databases/
PRE .testing-strides/
PRE 2025-09-11-01-05-02/
PRE 2025-09-13-01-05-02/
PRE 2025-09-16-01-05-02/
2020-08-25 00:43:03 128454 2020-08-22-01-05-01
2020-07-07 04:52:03 999 README.txt
2025-09-18 12:08:50 19 latest-dir
データの検索とアクセス方法、そして BLAST の使い方も案内があります。BLAST の使い方自体は別途学習しているはずなので毎度は不要でしょう。
まとめ
Quick Flows を使って Registry of Open Data on AWS からゲノム解析データを探索しました。
今回の検証でわかったことは以下のとおりです。
- Registry of Open Data on AWS 専用のインテグレーションは存在しない
- ウェブ検索機能を活用してデータセットを検索している
- 専用インテグレーションでなくても実用的な結果が得られる
- ツール適合性評価や実装ガイドまで自動生成される
おわりに
Quick Flows は自然言語でワークフローを生成できます。Registry of Open Data on AWS にはさまざまな公開データセットがあるので、ぜひ試してみてください。
気になるところ
ワークフローの実行結果は PDF または、Word 形式でダウンロードできる機能があります。PDF ダウンロードを試したのですが、ダウンロードできずに終わりました。別の機会に調査します。
