回答
Windows のライセンス料金は Amazon EC2 の時間単位の料金に含まれており、追加でライセンス料金が発生することはありません。 （※2023-10-19 時点の情報です）
解説
Amazon EC2 の料金は使用量に応じた形で料金が発生し、ライセンス費用も含まれているため、追加でライセンス費用をお支払いいただく必要はありません。 Windows サーバーの構築をご希望の際は、以下ドキュメント 記載の通り、インスタンスを起動時に Microsoft Windows Server だけの Amazon Machine Image (AMI) または Windows Server と Microsoft SQL Server が事前インストールされた AMI のいずれかをご選択ください。
AWS での Microsoft ライセンシング | AWS
ライセンス付き Amazon Machine Image を起動する
お客様が Amazon EC2 インスタンスを Windows Server ベースの AMI と一緒に購入するか、Amazon RDS for SQL Server のライセンス込みのインスタンスを購入すると、ライセンスコストとライセンス準拠の管理は、Amazon がお客様に代わって行います。Amazon EC2 と Amazon RDS の両方で、さまざまなインスタンスタイプとサイズが提供されており、ターゲットワークロードに最適な構成を選択できます。Windows Server を利用する Amazon EC2 AMI では、クライアントアクセスライセンス (CAL) は必要ありません。また、これらの AMI には、管理用途として、2 つの Microsoft リモートデスクトップサービスライセンスも含まれます。Amazon EC2 for Windows Server のライセンスを含むインスタンスを購入すると、ライセンシングのオーバーヘッドが解消され、必要に応じてコンピューティングリソースを速やかにプロビジョニングできます。
対象となる製品
Microsoft Windows Server と Microsoft SQL Server は、最新バージョンと従来バージョンをさまざまに組み合わせて、AMI として利用できます。 詳細については、aws.amazon.com/windows/amis を参照してください。
なお、その他 OS との料金の差異については、以下 Amazon EC2 の料金に関するページにて、ご希望のOSやリージョンを選択いただき、費用をご確認いただけます。 ※単価は変動する可能性があります。
Amazon EC2 オンデマンド料金 | AWS
＜例＞リージョン：東京インスタンスタイプ：t3.micro
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オンデマンドの時間単価
Linux：0.0104USD
Windows：0.0196USD
RHEL：0.0704USD
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補足
Microsoft ソフトウェアを既にご購入いただいている場合、ライセンスを AWS に持ち込む (BYOL) ことも可能ですので、その際は以下公式ドキュメントをご参照ください。
アノテーション株式会社について
アノテーション株式会社は、クラスメソッド社のグループ企業として「オペレーション・エクセレンス」を担える企業を目指してチャレンジを続けています。「らしく働く、らしく生きる」のスローガンを掲げ、様々な背景をもつ多様なメンバーが自由度の高い働き方を通してお客様へサービスを提供し続けてきました。現在当社では一緒に会社を盛り上げていただけるメンバーを募集中です。少しでもご興味あれば、アノテーション株式会社WEBサイトをご覧ください。
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