Bioconda でインストールした salmon コマンド実行に libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object とエラーが出力されたときの対処方法
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Bioconda（conda 環境）でsalmonパッケージをインストールし実行すると下記のエラーが発生しsalmonコマンドが実行できませんでした。切り分けした内容と修正方法を紹介します。
$ salmon -v (bioconda) salmon: error while loading shared libraries: libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object file: No such file or directory
確認結果
動作確認の取れたバージョン0.13.1をインストールして解決。
conda install salmon=0.13.1 -y
※ 現時点の最新バージョン1.10.1はインストールに失敗しました
状況
conda install salmonでインストールされたsalmonのバージョンは0.6.0でした。
$ conda list | grep salmon (bioconda) salmon 0.6.0 1 bioconda
検証環境
t3.medium でconda installを実行していると CPU 使用率が跳ね上がりSSH接続、セッションマネージャー接続が切れることがよくあります。
| Name | Version |
|---|---|
| OS | Ubuntu 22.04 LTS |
| conda | 23.5.0 |
| Instance Type | t3.medium |
切り分けの過程
一度salmonパッケージを削除しました。
$ conda uninstall salomon -y
以下の Issue を参考に切り分けをはじめます。
bioconda install doesn't work if channels aren't set up correctly · Issue #480 · COMBINE-lab/salmon
チャネルを指定してインストール（失敗）
仮想環境は既存の環境（biocondaと名付けている環境）を利用したいため、Issue で紹介されていた以下のコマンドを参考に
conda create -n slm3 -y -c conda-forge -c bioconda salmon
conda installとして実行してみました。
$ conda install -c conda-forge -c bioconda salmon -y
インストールされたバージョンは同じでした。
$ conda list | grep salmon (bioconda) salmon 0.6.0 1 bioconda
実行すると同様のエラーで失敗しましました。
$ salmon -v (bioconda) salmon: error while loading shared libraries: libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object file: No such file or directory
仮想環境から作り直す（成功）
Issue で紹介されている通りに試してみます。
$ conda create -n slm3 -y -c conda-forge -c bioconda salmon $ conda activate slm3 $ salmon
チャンネル設定は以下となっています。
$ conda config --get channels (slm3) --add channels 'defaults' # lowest priority --add channels 'bioconda' --add channels 'conda-forge' # highest priority
インストールされたsalmonのバージョンは0.13.1で新しいバージョンになっています。
> conda list | grep salmon (slm3) salmon 0.13.1 h86b0361_0 bioconda
コマンドが実行できました。
> salmon -v (slm3) salmon 0.13.1
salmonのバージョンが0.6.0は実行に問題があり、0.13.0であれば問題ないことがわかりました。
インストール手順を確立する
バージョン未指定だと0.6.0がインストールされ、コマンドの実行に失敗するため特定のバージョンを指定してインストールする方針とします。
新しく仮想環境nextflowを作成し Bioconda 環境を一からセットアップしsalmonインストール手順を確認します。
conda create -n nextflow conda activate nextflow conda config --add channels defaults conda config --add channels bioconda conda config --add channels conda-forge conda config --set channel_priority strict
動作実績のある0.13.1のバージョンを指定してインストールします。
conda install salmon=0.13.1 -y
コマンドの実行に成功しました。
$ salmon -v (nextflow) salmon 0.13.1
仮想環境を新規作成しsalmonコマンド実行成功まで再現性のある手順を確認できました。
最新バージョンをインストール（失敗）
現時点のsalmonの最新バージョンは1.10.1でした。
$ conda search salmon (bioconda) Loading channels: done # Name Version Build Channel salmon 0.5.1 0 bioconda salmon 0.6.0 0 bioconda salmon 0.6.0 1 bioconda salmon 0.6.0 boost1.60_1 bioconda salmon 0.6.0 boost1.60_2 bioconda salmon 0.7.2 boost1.60_2 bioconda salmon 0.7.2 boost1.60_3 bioconda salmon 0.7.2 boost1.61_3 bioconda salmon 0.8.0 boost1.60_0 bioconda salmon 0.8.0 boost1.61_0 bioconda salmon 0.8.1 0 bioconda salmon 0.8.2 0 bioconda salmon 0.8.2 1 bioconda salmon 0.9.0 0 bioconda salmon 0.9.1 0 bioconda salmon 0.9.1 1 bioconda salmon 0.10.0 1 bioconda salmon 0.10.1 1 bioconda salmon 0.10.2 1 bioconda salmon 0.11.0 h445c947_0 bioconda salmon 0.11.1 h445c947_0 bioconda salmon 0.11.2 h445c947_0 bioconda salmon 0.11.3 h86b0361_1 bioconda salmon 0.11.3 h86b0361_2 bioconda salmon 0.12.0 h86b0361_1 bioconda salmon 0.13.0 h86b0361_1 bioconda salmon 0.13.0 h86b0361_2 bioconda salmon 0.13.1 h86b0361_0 bioconda salmon 0.14.0 h86b0361_0 bioconda salmon 0.14.0 h86b0361_1 bioconda salmon 0.14.1 h86b0361_0 bioconda salmon 0.14.1 h86b0361_1 bioconda salmon 0.14.1 ha0cc327_2 bioconda salmon 0.14.2 ha0cc327_0 bioconda salmon 0.14.2 hf69c8f4_1 bioconda salmon 0.15.0 hf69c8f4_0 bioconda salmon 1.0.0 hf69c8f4_0 bioconda salmon 1.1.0 hf69c8f4_0 bioconda salmon 1.2.0 hf69c8f4_0 bioconda salmon 1.2.1 hf69c8f4_0 bioconda salmon 1.3.0 hf69c8f4_0 bioconda salmon 1.4.0 h84f40af_1 bioconda salmon 1.4.0 hf69c8f4_0 bioconda salmon 1.5.0 h84f40af_0 bioconda salmon 1.5.1 h84f40af_0 bioconda salmon 1.5.2 h84f40af_0 bioconda salmon 1.6.0 h84f40af_0 bioconda salmon 1.7.0 h10bb6b4_1 bioconda salmon 1.7.0 h84f40af_0 bioconda salmon 1.8.0 h7e5ed60_0 bioconda salmon 1.8.0 h7e5ed60_1 bioconda salmon 1.9.0 h7e5ed60_0 bioconda salmon 1.9.0 h7e5ed60_1 bioconda salmon 1.10.0 h7e5ed60_0 bioconda salmon 1.10.1 h7e5ed60_0 bioconda salmon 1.10.1 h7e5ed60_1 bioconda salmon 1.10.1 hecfa306_2 bioconda
1.10.1を指定してインストールするとインストールができませんでした。
$ conda install salmon=1.10.1 -y (nextflow) Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: unsuccessful attempt using repodata from current_repodata.json, retrying with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: \ unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve. CondaError: KeyboardInterrupt
salmonコマンド実行できれば良いので深追いはしませんでした。
まとめ
動作確認の取れたバージョン0.13.1をインストールして解決。
conda install salmon=0.13.1 -y
※ 最新バージョン1.10.1はインストールに失敗しました
おわりに
Bioconda を利用すれば簡単にバイオインフォマティクスツールのインストールができるものだと思っていたのですが、思いの他手こずりました。salomonコマンドが実行できるまで手順の備忘録でした。
