Bioinformaticsの記事一覧

AWS HealthOmics プライベートワークフロー作成時のよくあるつまづきポイント解説

大村 保貴

2024.05.26

Trinity のパフォーマンスモニタリング機能を Apptainer で動く Trinity コンテナで試してみた

大村 保貴

2024.05.24

Trinity 中間ファイルの保存先ストレージの違いで処理時間に影響あるのか確認してみた

大村 保貴

2024.05.18

Trinity インプットデータの保存先ストレージの違いで処理時間に影響あるのか確認してみた (S3 vs インスタンスストア)

大村 保貴

2024.05.12

AWS ParallelCluster で Apptainer と Mountpoint for Amazon S3 の組み合わせて Trinity を実行してみた

大村 保貴

2024.04.27

AWS ParallelCluster で Apptainer を利用して Trinity を実行してみた

大村 保貴

2024.04.22

AWS ParallelCluster で Apptainer を実行する Apptainer on ParallelCluster の実装方法

大村 保貴

2024.04.14

[アップデート] AWS HealthOmics ワークフローエンジンの実行ログが保存されるようになりました

大村 保貴

2024.02.24

S3 Express One Zone 用の VPC エンドポイント Gateway 型を作成する CloudFormation テンプレートの紹介

大村 保貴

2024.01.21

Amzon EFS アーカイブと、One Zone 低頻度アクセスどちらが安いのか現実的なラインの利用費を試算をしてみた

大村 保貴

2023.12.25

AWS HealthOmics が CloudFormation サポートし IaC 管理できるようになりました

大村 保貴

2023.10.21

AWS HealthOmics のシーケンスストアからファイルを取り出す方法

大村 保貴

2023.10.21

Nextflow Basic Training の Simple RNA-Seq workflow を Amazon EC2 で実行してみた

大村 保貴

2023.09.17

Mountpoint for Amazon S3 他リージョンからアクセスしたときのリード性能を確認してみた

大村 保貴

2023.08.29

ゲノム解析のワークロードで Mountpoint for Amazon S3 のリード性能は如何ほどものかと確認してみた

大村 保貴

2023.08.26

AWS ParallelCluster に Mountpoint for Amazon S3 を使って S3 バケットをマウントする方法

大村 保貴

2023.08.22

Amazon Omics Workflows の対応言語に CWL が追加されたのでワークフローを実行してみた

大村 保貴

2023.07.04

AWS が公開しているサーバレスなゲノム解析環境を構築してみた

大村 保貴

2023.07.02

EC2(Ubuntu 22.04)で Nextflow と Bioconda が実行可能な環境構築手順

大村 保貴

2023.06.17

Bioconda でインストールした salmon コマンド実行に libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object とエラーが出力されたときの対処方法

大村 保貴

2023.06.16

conda 環境で特定ディレクトリ配下に移動すると自動的に仮想環境をアクティベートする方法

大村 保貴

2023.06.11

[アップデート] Amazon Omics Storage のシーケンスストアへファイルを直接保存できるようになりました

大村 保貴

2023.05.21

Nextflow 入門 Hello World ワークフローの実行内容を解説

大村 保貴

2023.05.20

Nextflow の概要と AWS サービスとの関係性を IT エンジニア向けに紹介

大村 保貴

2023.05.14

EC2(Ubuntu 22.04 LTS)に Nextflow の実行環境を構築してみた

大村 保貴

2023.05.03

Nextflow のローカル開発環境のために Docker コンテナを利用してみてわかったこと

大村 保貴

2023.05.03

Amazon Omics Analytics の Variant Store へファイルの一括インポートができるようになりました

大村 保貴

2023.04.01

Bioconda 入門 Anaconda、Minicondaとの違いと EC2 に実行環境をセットアップしてみた

大村 保貴

2023.03.28

【書評】新しいゲノムの教科書 DNAから探る最新・生命科学入門

大村 保貴

2023.03.21

Docker コンテナで動く Amazon Genomics CLI 実行環境の作り方紹介

大村 保貴

2023.03.19