# Bioinformatics の記事一覧

Web ブラウザで実現する情報科学・バイオインフォマティクス向け Linux 実習環境 3 選

OpenFold を AWS ParallelCluster で動かしてタンパク質の立体構造を予測してみた

サーバレスで実現する！ゲノムブラウザ JBrowse 2 の実行環境

データベースファイルを S3 に保存して Mountpoint for Amazon S3 を利用した OpenFold の実行は実用的か検証してみた

Apptainer で OpenFold を実行してタンパク質の立体構造予測を試してみた

OpenFold を使用してタンパク質の立体構造予測をやってみた

AWS HealthOmics が Nextflow と DSL のバージョン自動検出をサポートしました

Amazon Genomics CLI が静かに End of Support を迎えていました

「AWS で挑むゲノム解析：普段使わない技術を知ろう」というタイトルで DevelopersIO 2024 Sapporo に登壇しました #devio2024

AlphaFold のデータベースダウンロードのトラブルシューティング

オンプレミスとクラウド HPC のハイブリッド構成の優位性とは？京都大学大学院医学研究科 附属ゲノム医学センター様の事例から学ぶ

任意のバイオインフォマティクスツールを詰め込んだコンテナイメージが簡単に作成できる Seqera Containers

AWS HealthOmics がプライベートワークフローのクロスアカウント共有をサポートしました

AWS HealthOmics プライベートワークフローにストレージ容量管理が不要なストレージタイプが追加されました

AWS HealthOmics プライベートワークフロー作成時のよくあるつまづきポイント解説

Trinity のパフォーマンスモニタリング機能を Apptainer で動く Trinity コンテナで試してみた

Trinity 中間ファイルの保存先ストレージの違いで処理時間に影響あるのか確認してみた

Trinity インプットデータの保存先ストレージの違いで処理時間に影響あるのか確認してみた （S3 vs インスタンスストア）

AWS ParallelCluster で Apptainer と Mountpoint for Amazon S3 の組み合わせて Trinity を実行してみた

AWS ParallelCluster で Apptainer を利用して Trinity を実行してみた

AWS ParallelCluster で Apptainer を実行する Apptainer on ParallelCluster の実装方法

[アップデート] AWS HealthOmics ワークフローエンジンの実行ログが保存されるようになりました

S3 Express One Zone 用の VPC エンドポイント Gateway 型を作成する CloudFormation テンプレートの紹介

Amzon EFS アーカイブと、One Zone 低頻度アクセスどちらが安いのか現実的なラインの利用費を試算をしてみた

AWS HealthOmics が CloudFormation サポートし IaC 管理できるようになりました

AWS HealthOmics のシーケンスストアからファイルを取り出す方法

Nextflow Basic Training の Simple RNA-Seq workflow を Amazon EC2 で実行してみた

Mountpoint for Amazon S3 他リージョンからアクセスしたときのリード性能を確認してみた

ゲノム解析のワークロードで Mountpoint for Amazon S3 のリード性能は如何ほどものかと確認してみた

AWS ParallelCluster に Mountpoint for Amazon S3 を使って S3 バケットをマウントする方法

Amazon Omics Workflows の対応言語に CWL が追加されたのでワークフローを実行してみた

AWS が公開しているサーバレスなゲノム解析環境を構築してみた

EC2（Ubuntu 22.04）で Nextflow と Bioconda が実行可能な環境構築手順

Bioconda でインストールした salmon コマンド実行に libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object とエラーが出力されたときの対処方法

conda 環境で特定ディレクトリ配下に移動すると自動的に仮想環境をアクティベートする方法

[アップデート] Amazon Omics Storage のシーケンスストアへファイルを直接保存できるようになりました