Kiro Power に AWS HealthOmics が仲間入りしたのでワークフローの作成・登録・実行を試してみた
はじめに
AWS HealthOmics が Kiro Power に対応しました。AI エージェントを活用してバイオインフォマティクスワークフローを開発できます。WDL ワークフローの作成から HealthOmics への登録・実行まで試してみました。
Kiro Power とは
Kiro Power は、MCP サーバーやステアリングファイル、エージェントフックをパッケージ化したリポジトリです。専門的なソフトウェア開発を加速するために提供されています。
AWS HealthOmics Power
AWS HealthOmics 向けの Kiro Power が公開されました。HealthOmics の MCP サーバーをベースに、ワークフロー開発に特化したガイダンスが組み込まれています。
以下の機能が利用できます。HealthOmics の Workflows を利用するユーザー向けです。
- バイオインフォマティクスワークフローの作成
- ワークフローの実行・デバッグ、最適化
Nextflow や WDL といったドメイン固有言語でのワークフロー開発を、Kiro の AI エージェントが支援します。
インストール
Kiro の Power 画面から AWS HealthOmics Power をインストールします。簡単ですね。
使ってみる
WDL で Hello World ワークフローを作成してみます。
Kiro に相談すると、HealthOmics に対応していることを案内してくれました。
ワークフローの作成を依頼します。
HealthOmics のお作法に従い、パラメータファイルも作成してくれました。ちゃんと理解していますね。
version 1.0
workflow HelloWorld {
input {
String name = "World"
}
call SayHello {
input:
name = name
}
output {
File greeting = SayHello.output_file
}
}
task SayHello {
input {
String name
}
command <<<
echo "Hello, ~{name}! Welcome to AWS HealthOmics!" > greeting.txt
>>>
output {
File output_file = "greeting.txt"
}
runtime {
docker: "123456789012.dkr.ecr.us-east-1.amazonaws.com/ecr-public/lts/ubuntu:22.04"
memory: "2 GB"
cpu: 2
}
}
{
"name": {
"description": "Name to greet in the hello world message",
"optional": true
}
}
ワークフローの登録
続いて、HealthOmics へのワークフロー登録を依頼します。us-east-1 に既存の環境があるため、リージョンを指定してクレデンシャルを渡しました。
一度登録に失敗しましたが、AI エージェントが自動でリトライし、プライベートワークフローとして登録に成功しました。
Kiro から完了の報告を確認できました。
動作確認
マネジメントコンソールからプライベートワークフローを実行します。必要な入力パラメータを設定します。
実行が開始されました。
正常に終了しました。
S3 に保存された実行結果をダウンロードして確認します。WDL のワークフローは正常に実行できていました。
Hello, test-run! Welcome to AWS HealthOmics!
まとめ
AWS HealthOmics Power を使い、WDL ワークフローの作成から HealthOmics への登録・実行まで一連の流れを試しました。
- AI エージェントが HealthOmics 固有のお作法を理解してワークフローを生成する
- パラメータファイルの作成やワークフロー登録まで一貫して対応できる
- 登録に失敗しても自動でリトライして完了する
おわりに
HealthOmics には独自のお作法があり、つまずきやすいポイントが多いです。しかし MCP サーバーを活用することで、AWS に詳しくない研究者でもスムーズにワークフローを構築できるのではないでしょうか。Kiro の学習コストはかかりますが、直接 HealthOmics を操作するより取り組みやすいかもしれません。まず Kiro 経由で HealthOmics 触れてから慣れていく方が近道だと感じました。
以前、HealthOmics ワークフローで遭遇したトラブルについても記事にしています。HealthOmics Power があればこんなトラブルもなんとかなる。
