# Bioinformatics の記事一覧

Web ブラウザで実現する情報科学・バイオインフォマティクス向け Linux 実習環境 3 選Web ブラウザで実現する情報科学・バイオインフォマティクス向け Linux 実習環境 3 選
大村 保貴
2025.03.31
OpenFold を AWS ParallelCluster で動かしてタンパク質の立体構造を予測してみたOpenFold を AWS ParallelCluster で動かしてタンパク質の立体構造を予測してみた
大村 保貴
2025.02.28
サーバレスで実現する！ゲノムブラウザ JBrowse 2 の実行環境サーバレスで実現する！ゲノムブラウザ JBrowse 2 の実行環境
大村 保貴
2025.01.31
データベースファイルを S3 に保存して Mountpoint for Amazon S3 を利用した OpenFold の実行は実用的か検証してみたデータベースファイルを S3 に保存して Mountpoint for Amazon S3 を利用した OpenFold の実行は実用的か検証してみた
大村 保貴
2025.01.11
Apptainer で OpenFold を実行してタンパク質の立体構造予測を試してみたApptainer で OpenFold を実行してタンパク質の立体構造予測を試してみた
大村 保貴
2025.01.04
OpenFold を使用してタンパク質の立体構造予測をやってみたOpenFold を使用してタンパク質の立体構造予測をやってみた
大村 保貴
2024.12.31
AWS HealthOmics が Nextflow と DSL のバージョン自動検出をサポートしましたAWS HealthOmics が Nextflow と DSL のバージョン自動検出をサポートしました
大村 保貴
2024.08.17
Amazon Genomics CLI が静かに End of Support を迎えていましたAmazon Genomics CLI が静かに End of Support を迎えていました
大村 保貴
2024.08.04
「AWS で挑むゲノム解析：普段使わない技術を知ろう」というタイトルで DevelopersIO 2024 Sapporo に登壇しました #devio2024「AWS で挑むゲノム解析：普段使わない技術を知ろう」というタイトルで DevelopersIO 2024 Sapporo に登壇しました #devio2024
大村 保貴
2024.07.08
AlphaFold のデータベースダウンロードのトラブルシューティングAlphaFold のデータベースダウンロードのトラブルシューティング
大村 保貴
2024.06.29
オンプレミスとクラウド HPC のハイブリッド構成の優位性とは？京都大学大学院医学研究科 附属ゲノム医学センター様の事例から学ぶオンプレミスとクラウド HPC のハイブリッド構成の優位性とは？京都大学大学院医学研究科 附属ゲノム医学センター様の事例から学ぶ
大村 保貴
2024.06.20
任意のバイオインフォマティクスツールを詰め込んだコンテナイメージが簡単に作成できる Seqera Containers任意のバイオインフォマティクスツールを詰め込んだコンテナイメージが簡単に作成できる Seqera Containers
大村 保貴
2024.06.08
AWS HealthOmics がプライベートワークフローのクロスアカウント共有をサポートしましたAWS HealthOmics がプライベートワークフローのクロスアカウント共有をサポートしました
大村 保貴
2024.05.30
AWS HealthOmics プライベートワークフローにストレージ容量管理が不要なストレージタイプが追加されましたAWS HealthOmics プライベートワークフローにストレージ容量管理が不要なストレージタイプが追加されました
大村 保貴
2024.05.28
AWS HealthOmics プライベートワークフロー作成時のよくあるつまづきポイント解説AWS HealthOmics プライベートワークフロー作成時のよくあるつまづきポイント解説
大村 保貴
2024.05.26
Trinity のパフォーマンスモニタリング機能を Apptainer で動く Trinity コンテナで試してみたTrinity のパフォーマンスモニタリング機能を Apptainer で動く Trinity コンテナで試してみた
大村 保貴
2024.05.24
Trinity 中間ファイルの保存先ストレージの違いで処理時間に影響あるのか確認してみたTrinity 中間ファイルの保存先ストレージの違いで処理時間に影響あるのか確認してみた
大村 保貴
2024.05.18
Trinity インプットデータの保存先ストレージの違いで処理時間に影響あるのか確認してみた （S3 vs インスタンスストア）Trinity インプットデータの保存先ストレージの違いで処理時間に影響あるのか確認してみた （S3 vs インスタンスストア）
大村 保貴
2024.05.12
AWS ParallelCluster で Apptainer と Mountpoint for Amazon S3 の組み合わせて Trinity を実行してみたAWS ParallelCluster で Apptainer と Mountpoint for Amazon S3 の組み合わせて Trinity を実行してみた
大村 保貴
2024.04.27
AWS ParallelCluster で Apptainer を利用して Trinity を実行してみたAWS ParallelCluster で Apptainer を利用して Trinity を実行してみた
大村 保貴
2024.04.22
AWS ParallelCluster で Apptainer を実行する Apptainer on ParallelCluster の実装方法AWS ParallelCluster で Apptainer を実行する Apptainer on ParallelCluster の実装方法
大村 保貴
2024.04.14
[アップデート] AWS HealthOmics ワークフローエンジンの実行ログが保存されるようになりました[アップデート] AWS HealthOmics ワークフローエンジンの実行ログが保存されるようになりました
大村 保貴
2024.02.24
S3 Express One Zone 用の VPC エンドポイント Gateway 型を作成する CloudFormation テンプレートの紹介S3 Express One Zone 用の VPC エンドポイント Gateway 型を作成する CloudFormation テンプレートの紹介
大村 保貴
2024.01.21
Amzon EFS アーカイブと、One Zone 低頻度アクセスどちらが安いのか現実的なラインの利用費を試算をしてみたAmzon EFS アーカイブと、One Zone 低頻度アクセスどちらが安いのか現実的なラインの利用費を試算をしてみた
大村 保貴
2023.12.25
AWS HealthOmics が CloudFormation サポートし IaC 管理できるようになりましたAWS HealthOmics が CloudFormation サポートし IaC 管理できるようになりました
大村 保貴
2023.10.21
AWS HealthOmics のシーケンスストアからファイルを取り出す方法AWS HealthOmics のシーケンスストアからファイルを取り出す方法
大村 保貴
2023.10.21
Nextflow Basic Training の Simple RNA-Seq workflow を Amazon EC2 で実行してみたNextflow Basic Training の Simple RNA-Seq workflow を Amazon EC2 で実行してみた
大村 保貴
2023.09.17
Mountpoint for Amazon S3 他リージョンからアクセスしたときのリード性能を確認してみたMountpoint for Amazon S3 他リージョンからアクセスしたときのリード性能を確認してみた
大村 保貴
2023.08.29
ゲノム解析のワークロードで Mountpoint for Amazon S3 のリード性能は如何ほどものかと確認してみたゲノム解析のワークロードで Mountpoint for Amazon S3 のリード性能は如何ほどものかと確認してみた
大村 保貴
2023.08.26
AWS ParallelCluster に Mountpoint for Amazon S3 を使って S3 バケットをマウントする方法AWS ParallelCluster に Mountpoint for Amazon S3 を使って S3 バケットをマウントする方法
大村 保貴
2023.08.22
Amazon Omics Workflows の対応言語に CWL が追加されたのでワークフローを実行してみたAmazon Omics Workflows の対応言語に CWL が追加されたのでワークフローを実行してみた
大村 保貴
2023.07.04
AWS が公開しているサーバレスなゲノム解析環境を構築してみたAWS が公開しているサーバレスなゲノム解析環境を構築してみた
大村 保貴
2023.07.02
EC2（Ubuntu 22.04）で Nextflow と Bioconda が実行可能な環境構築手順EC2（Ubuntu 22.04）で Nextflow と Bioconda が実行可能な環境構築手順
大村 保貴
2023.06.17
Bioconda でインストールした salmon コマンド実行に libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object とエラーが出力されたときの対処方法Bioconda でインストールした salmon コマンド実行に libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object とエラーが出力されたときの対処方法
大村 保貴
2023.06.16
conda 環境で特定ディレクトリ配下に移動すると自動的に仮想環境をアクティベートする方法conda 環境で特定ディレクトリ配下に移動すると自動的に仮想環境をアクティベートする方法
大村 保貴
2023.06.11
[アップデート] Amazon Omics Storage のシーケンスストアへファイルを直接保存できるようになりました[アップデート] Amazon Omics Storage のシーケンスストアへファイルを直接保存できるようになりました
大村 保貴
2023.05.21
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