Bioconda（conda 環境）でsalmonパッケージをインストールし実行すると下記のエラーが発生しsalmonコマンドが実行できませんでした。切り分けした内容と修正方法を紹介します。
$ salmon -v (bioconda)
salmon: error while loading shared libraries: libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object file: No such file or directory確認結果
動作確認の取れたバージョン0.13.1をインストールして解決。
conda install salmon=0.13.1 -y※ 現時点の最新バージョン1.10.1はインストールに失敗しました
状況
conda install salmonでインストールされたsalmonのバージョンは0.6.0でした。
$ conda list | grep salmon (bioconda)
salmon 0.6.0 1 bioconda検証環境
t3.medium でconda installを実行していると CPU 使用率が跳ね上がりSSH接続、セッションマネージャー接続が切れることがよくあります。
| Name | Version |
|---|---|
| OS | Ubuntu 22.04 LTS |
| conda | 23.5.0 |
| Instance Type | t3.medium |
切り分けの過程
一度salmonパッケージを削除しました。
$ conda uninstall salomon -y以下の Issue を参考に切り分けをはじめます。
bioconda install doesn't work if channels aren't set up correctly · Issue #480 · COMBINE-lab/salmon
チャネルを指定してインストール（失敗）
仮想環境は既存の環境（biocondaと名付けている環境）を利用したいため、Issue で紹介されていた以下のコマンドを参考に
conda create -n slm3 -y -c conda-forge -c bioconda salmonconda installとして実行してみました。
$ conda install -c conda-forge -c bioconda salmon -yインストールされたバージョンは同じでした。
$ conda list | grep salmon (bioconda)
salmon 0.6.0 1 bioconda実行すると同様のエラーで失敗しましました。
$ salmon -v (bioconda)
salmon: error while loading shared libraries: libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object file: No such file or directory仮想環境から作り直す（成功）
Issue で紹介されている通りに試してみます。
$ conda create -n slm3 -y -c conda-forge -c bioconda salmon
$ conda activate slm3
$ salmonチャンネル設定は以下となっています。
$ conda config --get channels (slm3)
--add channels 'defaults' # lowest priority
--add channels 'bioconda'
--add channels 'conda-forge' # highest priorityインストールされたsalmonのバージョンは0.13.1で新しいバージョンになっています。
> conda list | grep salmon (slm3)
salmon 0.13.1 h86b0361_0 biocondaコマンドが実行できました。
> salmon -v (slm3)
salmon 0.13.1salmonのバージョンが0.6.0は実行に問題があり、0.13.0であれば問題ないことがわかりました。
インストール手順を確立する
バージョン未指定だと0.6.0がインストールされ、コマンドの実行に失敗するため特定のバージョンを指定してインストールする方針とします。
新しく仮想環境nextflowを作成し Bioconda 環境を一からセットアップしsalmonインストール手順を確認します。
conda create -n nextflow
conda activate nextflow
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict動作実績のある0.13.1のバージョンを指定してインストールします。
conda install salmon=0.13.1 -yコマンドの実行に成功しました。
$ salmon -v (nextflow)
salmon 0.13.1仮想環境を新規作成しsalmonコマンド実行成功まで再現性のある手順を確認できました。
最新バージョンをインストール（失敗）
現時点のsalmonの最新バージョンは1.10.1でした。
$ conda search salmon (bioconda)
Loading channels: done
# Name Version Build Channel
salmon 0.5.1 0 bioconda
salmon 0.6.0 0 bioconda
salmon 0.6.0 1 bioconda
salmon 0.6.0 boost1.60_1 bioconda
salmon 0.6.0 boost1.60_2 bioconda
salmon 0.7.2 boost1.60_2 bioconda
salmon 0.7.2 boost1.60_3 bioconda
salmon 0.7.2 boost1.61_3 bioconda
salmon 0.8.0 boost1.60_0 bioconda
salmon 0.8.0 boost1.61_0 bioconda
salmon 0.8.1 0 bioconda
salmon 0.8.2 0 bioconda
salmon 0.8.2 1 bioconda
salmon 0.9.0 0 bioconda
salmon 0.9.1 0 bioconda
salmon 0.9.1 1 bioconda
salmon 0.10.0 1 bioconda
salmon 0.10.1 1 bioconda
salmon 0.10.2 1 bioconda
salmon 0.11.0 h445c947_0 bioconda
salmon 0.11.1 h445c947_0 bioconda
salmon 0.11.2 h445c947_0 bioconda
salmon 0.11.3 h86b0361_1 bioconda
salmon 0.11.3 h86b0361_2 bioconda
salmon 0.12.0 h86b0361_1 bioconda
salmon 0.13.0 h86b0361_1 bioconda
salmon 0.13.0 h86b0361_2 bioconda
salmon 0.13.1 h86b0361_0 bioconda
salmon 0.14.0 h86b0361_0 bioconda
salmon 0.14.0 h86b0361_1 bioconda
salmon 0.14.1 h86b0361_0 bioconda
salmon 0.14.1 h86b0361_1 bioconda
salmon 0.14.1 ha0cc327_2 bioconda
salmon 0.14.2 ha0cc327_0 bioconda
salmon 0.14.2 hf69c8f4_1 bioconda
salmon 0.15.0 hf69c8f4_0 bioconda
salmon 1.0.0 hf69c8f4_0 bioconda
salmon 1.1.0 hf69c8f4_0 bioconda
salmon 1.2.0 hf69c8f4_0 bioconda
salmon 1.2.1 hf69c8f4_0 bioconda
salmon 1.3.0 hf69c8f4_0 bioconda
salmon 1.4.0 h84f40af_1 bioconda
salmon 1.4.0 hf69c8f4_0 bioconda
salmon 1.5.0 h84f40af_0 bioconda
salmon 1.5.1 h84f40af_0 bioconda
salmon 1.5.2 h84f40af_0 bioconda
salmon 1.6.0 h84f40af_0 bioconda
salmon 1.7.0 h10bb6b4_1 bioconda
salmon 1.7.0 h84f40af_0 bioconda
salmon 1.8.0 h7e5ed60_0 bioconda
salmon 1.8.0 h7e5ed60_1 bioconda
salmon 1.9.0 h7e5ed60_0 bioconda
salmon 1.9.0 h7e5ed60_1 bioconda
salmon 1.10.0 h7e5ed60_0 bioconda
salmon 1.10.1 h7e5ed60_0 bioconda
salmon 1.10.1 h7e5ed60_1 bioconda
salmon 1.10.1 hecfa306_2 bioconda1.10.1を指定してインストールするとインストールができませんでした。
$ conda install salmon=1.10.1 -y (nextflow)
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: unsuccessful attempt using repodata from current_repodata.json, retrying with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: \ unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve.
CondaError: KeyboardInterruptsalmonコマンド実行できれば良いので深追いはしませんでした。
まとめ
動作確認の取れたバージョン0.13.1をインストールして解決。
conda install salmon=0.13.1 -y※ 最新バージョン1.10.1はインストールに失敗しました
おわりに
Bioconda を利用すれば簡単にバイオインフォマティクスツールのインストールができるものだと思っていたのですが、思いの他手こずりました。salomonコマンドが実行できるまで手順の備忘録でした。
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