AWS HealthOmics が Nextflow と DSL のバージョン自動検出をサポートしました
Amazon Genomics CLI が静かに End of Support を迎えていました
「AWS で挑むゲノム解析：普段使わない技術を知ろう」というタイトルで DevelopersIO 2024 Sapporo に登壇しました #devio2024
AlphaFold のデータベースダウンロードのトラブルシューティング
オンプレミスとクラウド HPC のハイブリッド構成の優位性とは？京都大学大学院医学研究科 附属ゲノム医学センター様の事例から学ぶ
任意のバイオインフォマティクスツールを詰め込んだコンテナイメージが簡単に作成できる Seqera Containers
AWS HealthOmics がプライベートワークフローのクロスアカウント共有をサポートしました
AWS HealthOmics プライベートワークフローにストレージ容量管理が不要なストレージタイプが追加されました
AWS HealthOmics プライベートワークフロー作成時のよくあるつまづきポイント解説
Trinity のパフォーマンスモニタリング機能を Apptainer で動く Trinity コンテナで試してみた
Trinity 中間ファイルの保存先ストレージの違いで処理時間に影響あるのか確認してみた
Trinity インプットデータの保存先ストレージの違いで処理時間に影響あるのか確認してみた （S3 vs インスタンスストア）
AWS ParallelCluster で Apptainer と Mountpoint for Amazon S3 の組み合わせて Trinity を実行してみた
AWS ParallelCluster で Apptainer を利用して Trinity を実行してみた
AWS ParallelCluster で Apptainer を実行する Apptainer on ParallelCluster の実装方法
[アップデート] AWS HealthOmics ワークフローエンジンの実行ログが保存されるようになりました
S3 Express One Zone 用の VPC エンドポイント Gateway 型を作成する CloudFormation テンプレートの紹介
Amzon EFS アーカイブと、One Zone 低頻度アクセスどちらが安いのか現実的なラインの利用費を試算をしてみた
AWS HealthOmics が CloudFormation サポートし IaC 管理できるようになりました
AWS HealthOmics のシーケンスストアからファイルを取り出す方法
Nextflow Basic Training の Simple RNA-Seq workflow を Amazon EC2 で実行してみた
Mountpoint for Amazon S3 他リージョンからアクセスしたときのリード性能を確認してみた
ゲノム解析のワークロードで Mountpoint for Amazon S3 のリード性能は如何ほどものかと確認してみた
AWS ParallelCluster に Mountpoint for Amazon S3 を使って S3 バケットをマウントする方法
Amazon Omics Workflows の対応言語に CWL が追加されたのでワークフローを実行してみた
AWS が公開しているサーバレスなゲノム解析環境を構築してみた
EC2（Ubuntu 22.04）で Nextflow と Bioconda が実行可能な環境構築手順
Bioconda でインストールした salmon コマンド実行に libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object とエラーが出力されたときの対処方法
conda 環境で特定ディレクトリ配下に移動すると自動的に仮想環境をアクティベートする方法
[アップデート] Amazon Omics Storage のシーケンスストアへファイルを直接保存できるようになりました
Nextflow 入門 Hello World ワークフローの実行内容を解説
Nextflow の概要と AWS サービスとの関係性を IT エンジニア向けに紹介
EC2（Ubuntu 22.04 LTS）に Nextflow の実行環境を構築してみた
Nextflow のローカル開発環境のために Docker コンテナを利用してみてわかったこと
Amazon Omics Analytics の Variant Store へファイルの一括インポートができるようになりました
Bioconda 入門 Anaconda、Minicondaとの違いと EC2 に実行環境をセットアップしてみた
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