AWS ParallelCluster v2.8.0の計算ライブラリバージョン調べ

AWS ParallelCluster v2.8.0がリリースされました。ParallelClusterのAMIから主要なライブラリのバージョンを確認しました。
2020.07.27

こんにちは、網走の大村です。
2020/7/24にAWS ParallelCluster v2.8.0がリリースされました。ParallelClusterのAMIから主要なライブラリのバージョンを確認します。オンプレのHPC環境を移行する場合だとこの辺りが気になります。

Releases · aws/aws-parallelcluster

AWS ParallelCluster v2.8.0

下記のイメージを使用し、単体のインスタンスとしてAWS ParallelClusterを起動しバージョンを確認しました。

項目
表示名 aws-parallelcluster-2.8.0-amzn2-hvm-x86_64-202007222100
AMI ID ami-0937cf2341eefb277
Region us-east-1
OS Amazon Linux 2
Instance Type g4dn.xlarge

OpenMPI

複数のマシンにまたがって並列計算できるライブラリ。複数の計算処理マシンのメモリ領域間で通信しながら計算。

ompi_infoコマンドでOpen MPI:の行を確認。

$ ompi_info | head -2
                 Package: Open MPI root@7346a21a0c38 Distribution
                Open MPI: 4.0.3

yumコマンドから確認。

$ sudo yum list installed | grep openmpi
openmpi40-aws.x86_64                4.0.3-1.amzn2                    installed

OpenBLAS(Basic Linear Algebra Subprograms)

行列やベクトルの線形演算ライブラリ。

yumコマンドから確認。

$ sudo yum list installed | grep openblas
openblas-Rblas.x86_64               0.2.20-3.amzn2.0.1               @amzn2extra-R3.4

補足

ParallelCluster v2.7.0のときはEPELリポジトリからインストールされており、ParallelCluster v2.8.0より新しいバージョンがインストールされていました。

# こちらはParallelCluster v2.7.0の情報です
$ sudo yum list installed | grep openblas
openblas-Rblas.x86_64               0.3.3-2.el7                      @epel

GCC

GNUのコンパイラ群。

gccコマンドでgcc (GCC)の後ろを確認。

$ gcc --version
gcc (GCC) 7.3.1 20180712 (Red Hat 7.3.1-9)
Copyright (C) 2017 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

CUDA(Compute Unified Device Architecture)

NVIDIAのGPU向け汎用並列プログラミングモデル。

$ nvidia-smi -q | grep CUDA
CUDA Version                              : 11.0

Python

汎用プログラミング言語。PyCUDAもあるからHPCでも使うかもしれない。

$ python -V
Python 2.7.18

おわりに

各バージョン確認するためのコマンドメモとして記録を残しました。インストール済みバージョンよりもバージョンを下げたいとなったら、Boostrapでアンインストールから指定のバージョンをインストールするか、別のAMIをベースにBoostrapで指定のバージョンをインストールするか。別のAMIだとジョブスケジューラのインストールとかHPC関連のツールのインストールで手間取りそうな気もします。ゴールデンAMIを作成しAWS ParallelClusterの計算ノードで使用するとなると、今度は非推奨ですし悩ましい問題です。AWS ParallelClusterを使うなら新しいバージョンに合わせる方向でいきたいです。
カスタム AWS ParallelCluster AMI の構築 - AWS ParallelCluster

参考

CUDAを用いた数値解析の高速化