AWS ParallelCluster ヘッドノードに追加したEBSを拡張
2020.10.09
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ヘッドノードに追加したEBSを拡張
- AWS ParallelClusterはAWSがサポートする、HPCクラスターの管理ツールです。
- 前回の続き AWS ParallelCluster 追加EBSマウント設定 | Developers.IO
- ヘッドノードに追加したEBSを拡張できるのか検証します。
結論
- EBSを拡張しヘッドノード、コンピュートノードから正しく認識できました。
- AWS ParallelClusterだからといって特別な作業はありませんでした。
- ParallelCluster 2.7 + CentOS7
ParallelClusterのEBS拡張検証
至って普通のEBS拡張作業なのですがParallelClusterの検証結果として残します。
検証環境構成
| 項目 | 値 |
|---|---|
| OS | CentOS7 |
| ジョブスケジューラ | Slurm |
| ParallelClusterバージョン | 2.7 |
EBS拡張作業
ヘッドノードに追加でアタッチした拡張対象のEBS情報です。
> aws ec2 describe-volumes --volume-ids vol-0e453e8aee6ab4d35
出力結果
EBSのサイズは10GBです。
{
"Volumes": [
{
"Attachments": [
{
"AttachTime": "2020-10-06T04:19:34+00:00",
"Device": "/dev/sdb",
"InstanceId": "i-0566bdd7bb9223027",
"State": "attached",
"VolumeId": "vol-0e453e8aee6ab4d35",
"DeleteOnTermination": false
}
],
"AvailabilityZone": "ap-northeast-1a",
"CreateTime": "2020-10-06T04:03:33.473000+00:00",
"Encrypted": true,
"KmsKeyId": "arn:aws:kms:ap-northeast-1:000000000000:key/8a8bfc1d-dbbf-4ded-a481-76ef956aae63",
"Size": 10,
"SnapshotId": "",
"State": "in-use",
"VolumeId": "vol-0e453e8aee6ab4d35",
"Iops": 100,
"Tags": [
{
"Key": "Name",
"Value": "test-parallelcluster-add-master"
}
],
"VolumeType": "gp2"
}
]
}
50GBに変更します。
> aws ec2 modify-volume --size 50 --volume-id vol-0e453e8aee6ab4d35
出力結果
{
"VolumeModification": {
"VolumeId": "vol-0e453e8aee6ab4d35",
"ModificationState": "modifying",
"TargetSize": 50,
"TargetIops": 150,
"TargetVolumeType": "gp2",
"OriginalSize": 10,
"OriginalIops": 100,
"OriginalVolumeType": "gp2",
"Progress": 0,
"StartTime": "2020-10-07T08:09:18+00:00"
}
}
しばらく時間を置いてから拡張されたか確認します。
> aws ec2 describe-volumes --volume-ids vol-0e453e8aee6ab4d35
出力結果
50GBに拡張されました。
{
"Volumes": [
{
"Attachments": [
{
"AttachTime": "2020-10-06T04:19:34+00:00",
"Device": "/dev/sdb",
"InstanceId": "i-0566bdd7bb9223027",
"State": "attached",
"VolumeId": "vol-0e453e8aee6ab4d35",
"DeleteOnTermination": false
}
],
"AvailabilityZone": "ap-northeast-1a",
"CreateTime": "2020-10-06T04:03:33.473000+00:00",
"Encrypted": true,
"KmsKeyId": "arn:aws:kms:ap-northeast-1:000000000000:key/8a8bfc1d-dbbf-4ded-a481-76ef956aae63",
"Size": 50,
"SnapshotId": "",
"State": "in-use",
"VolumeId": "vol-0e453e8aee6ab4d35",
"Iops": 150,
"Tags": [
{
"Key": "Name",
"Value": "test-parallelcluster-add-master"
}
],
"VolumeType": "gp2"
}
]
}
ParallelClusterのヘッドノードでの作業
ParallelClusterのヘッドノードでも一般的な作業方法と変わりありません。
ボリュームサイズ変更後の Linux ファイルシステムの拡張 - Amazon Elastic Compute Cloud
/sharedが追加したEBSのマウント先です。
$ df -hT Filesystem Type Size Used Avail Use% Mounted on devtmpfs devtmpfs 3.7G 0 3.7G 0% /dev tmpfs tmpfs 3.8G 0 3.8G 0% /dev/shm tmpfs tmpfs 3.8G 17M 3.7G 1% /run tmpfs tmpfs 3.8G 0 3.8G 0% /sys/fs/cgroup /dev/nvme0n1p1 xfs 25G 12G 14G 47% / /dev/nvme1n1 ext4 9.8G 37M 9.2G 1% /shared tmpfs tmpfs 761M 0 761M 0% /run/user/0 tmpfs tmpfs 761M 0 761M 0% /run/user/1000
$ lsblk NAME MAJ:MIN RM SIZE RO TYPE MOUNTPOINT nvme0n1 259:1 0 25G 0 disk └─nvme0n1p1 259:2 0 25G 0 part / nvme1n1 259:0 0 50G 0 disk /shared
追加でアタッチしたEBSはext4なのでresize2fsコマンドを使用しました。
$ sudo resize2fs /dev/nvme1n1 resize2fs 1.42.9 (28-Dec-2013) Filesystem at /dev/nvme1n1 is mounted on /shared; on-line resizing required old_desc_blocks = 2, new_desc_blocks = 7
/sharedのディスクサイズが50GBになりました。
$ df -hT Filesystem Type Size Used Avail Use% Mounted on devtmpfs devtmpfs 3.7G 0 3.7G 0% /dev tmpfs tmpfs 3.8G 0 3.8G 0% /dev/shm tmpfs tmpfs 3.8G 17M 3.7G 1% /run tmpfs tmpfs 3.8G 0 3.8G 0% /sys/fs/cgroup /dev/nvme0n1p1 xfs 25G 12G 14G 47% / /dev/nvme1n1 ext4 50G 52M 47G 1% /shared tmpfs tmpfs 761M 0 761M 0% /run/user/0 tmpfs tmpfs 761M 0 761M 0% /run/user/1000
コンピュートノードから確認
50GBのディスクがNFSマウントされているのが確認できます。
$ df -hT Filesystem Type Size Used Avail Use% Mounted on devtmpfs devtmpfs 1.8G 0 1.8G 0% /dev tmpfs tmpfs 1.8G 0 1.8G 0% /dev/shm tmpfs tmpfs 1.8G 17M 1.8G 1% /run tmpfs tmpfs 1.8G 0 1.8G 0% /sys/fs/cgroup /dev/nvme0n1p1 xfs 25G 12G 14G 47% / ip-10-1-10-184.ap-northeast-1.compute.internal:/home nfs 25G 12G 14G 47% /home ip-10-1-10-184.ap-northeast-1.compute.internal:/opt/intel nfs 25G 12G 14G 47% /opt/intel ip-10-1-10-184.ap-northeast-1.compute.internal:/shared nfs 50G 52M 47G 1% /shared ip-10-1-10-184.ap-northeast-1.compute.internal:/opt/slurm nfs 25G 12G 14G 47% /opt/slurm tmpfs tmpfs 355M 0 355M 0% /run/user/1000
書き込みも問題なし。前回の書き込みテストで使ったファイルも確認できます。
$ touch /shared/new_comnode.txt $ ll /shared total 16 drwx------ 2 root root 16384 Oct 6 04:19 lost+found -rw-rw-r-- 1 centos centos 0 Oct 9 08:02 new_comnode.txt -rw-rw-r-- 1 centos centos 0 Oct 6 04:43 written_by_comnode.txt -rw-rw-r-- 1 centos centos 0 Oct 6 04:36 written_by_headnode.txt
おわりに
AWS ParallelClusterのヘッドノードなので念のため検証しました。追加EBSの拡張に関しては一般的なEC2と同じ認識で問題なかったです。不安に思われた方の参考になれば幸いです。
以上、コンサル部の大村@網走でした。
