Bio-Hackathon Europe @ Parisに参加しました!

こんにちは。Classmethod Europeのモナです。先日パリ付近で行われていたバイオハッカソンに参加しましたので、そこで経験したことを共有したいと思います!

Bio-Hackthonとは

まず、ハッカソンとは何なのかご存じの方が多いと思いますが、概念だけ貼っておきます。
「ハッカソン」(hackathon)とは、広い意味でソフトウェアのエンジニアリングを指す“ハック”(hack)とマラソン(marathon)を組み合わせた米IT業界発祥の造語で、もともとはプログラマーやデザイナーから成る複数の参加チームが、マラソンのように、数時間から数日間の与えられた時間を徹してプログラミングに没頭し、アイデアや成果を競い合う開発イベントのことをいいます。…
Weblioより)
毎年、世界中で様々なハッカソンが開催されていますが、そのひとつにバイオハッカソンと呼ばれるイベントがあります。バイオハッカソンは実は、2008年から毎年日本でも開催されています。主にバイオインフォマティクス出身の技術者や研究者(学生も含めて)が集まり、ライフサイエンス関連の開発を行うハッカソンのことです。例えば、メディカルなデータを分析するためのツールの開発やデータベース作成が作業の例です。

参加したきっかけ

ライフサイエンスでは、RDFというグラフデータモデルが多く使われています。グラフ形式のデータを分析するにはグラフアルゴリズムの利用が便利ですが、そういった機能をもつグラフDBは基本的にプロパティーグラフモデルしか対応しません。その問題を解決する方法の一つが、RDFをプロパティーグラフに変換するツールです!G2GMLというプロジェクトがその開発に取り組んでいます。私は日本にいた頃からそのプロジェクトに関っているため、私を含めメンバー全員で参加することになりました。以前は日本のバイオハッカソンにも参加したことがあるのですが、その続きという面もありました。

BH2019@Paris

会場

会場はパリから電車で1時間近く離れたかなり田舎の方にありました。平屋・バンガロー的な宿泊所やジム、プールなども揃った貸切の広〜〜〜いキャンパスでなかなかいいところでした。

美味しすぎるフランスの朝・昼・晩ご飯の量も半端なく、かなり太ってドイツに帰りました。笑

自然の中の会場

まだ誰も入っていないハック部屋

朝食のビュッフェ 

 

プログラム

11/18(月)〜 11/22(金)の一週間の間でしたが、基本的に毎日ハックがメインでした(当然ですが)

  • 月:各プロジェクトの紹介と一緒にハックするメンバーの募集
  • 火〜木:ひたすらハック(あと進捗レポート)
  • 金:結果発表

毎日ハック後に、カラオケや卓球大会といった交流のための機会も豊富でした。

やったこととその結果

上述の通り、 期間中にG2GMLプロジェクトに取り組んでいました。今回私が担当した作業は主にAmazon Neptuneを使った調査でした。

Neptuneは、RDFとProperty Graphの両方に対応している特徴があるのですが、どっちかを使うかになってしまうのでちょっともったいない気がします。

そこでG2G Mapperを使用して、せっかくの特徴をどんな風に使えるか試しました。(詳細ブログは準備中です!)

  • S3バケットに置いた公用のRDFデータをNeptuneにロードして、SPARQLでクエリを投げてデータの確認する
  • G2G MapperをEC2上で動かして、同じデータをNeptuneから取って、RDF -> Property Graphに変換して、S3バケットに置く
  • できたProperty Graph形式のデータもNeptuneにロードして、Gremlinでクエリを投げて改めて確認する

結果、G2G Mapper は Neptune 上の RDF と Property Graph の変換も可能であることが確認できました。

今回は、Neptune x G2Gの動作確認が自分のメインの目標でしたが、今後はサンプルデータよりもっと実用的なデータを使って調査を続ける予定です。

もちろんブログでもご紹介します!

結論

非常に貴重な経験になりました。

いつもと違う環境に自分を置くことはやはりいい刺激になりますね。特に参加して良かったと思う点は以下です。

  • 開発のための環境だからインプットも多く、アウトプットにも集中できた
  • 普段知り合うことが絶対にない多くの方々と交流することができた
  • 優秀な方とお話したり一緒に作業したりすることだけで自分のモチベーションがかなり上がった
  • 作業の進捗が早いし、わかりやすい

自分はバイオインフォマティクスにはあまり接することがないのに参加してもいいのかなと最初は少々心配もしましたが、そんな必要は全くありませんでした。分野外でも必ず作業が見つかりますし、どう考えてもいい経験でしかないと強く思います。自分はまだまだ開発のスキルが浅いですが、腕を磨いて次回のバイオハッカソンに参加することを楽しみにしています!