# Bioinformatics の記事一覧

EC2（Ubuntu 22.04 LTS）に Nextflow の実行環境を構築してみた

Nextflow のローカル開発環境のために Docker コンテナを利用してみてわかったこと

Amazon Omics Analytics の Variant Store へファイルの一括インポートができるようになりました

Bioconda 入門 Anaconda、Minicondaとの違いと EC2 に実行環境をセットアップしてみた

【書評】新しいゲノムの教科書 DNAから探る最新・生命科学入門

Docker コンテナで動く Amazon Genomics CLI 実行環境の作り方紹介

ChatGPT を使ってちょうど読んでいた論文を3行まとめにしてもらった

Amazon Omics Storage ストレージクラス Archive から Active へ戻すまでの所要時間を調べてみた

Amazon Omics Storage ストレージクラス Archive から Active へ変更する方法2選

Amazon Omics Workflows ZIP 圧縮したワークフロー定義ファイルのディレクトリ構成を誤った場合のエラーの出力例

Amazon Omics Storage に保存したファイルのメタデータから files の項目が表示されるケースとされないケースの違いを調べてみた

Amazon Omics入門(Omics Storageへデータ保存)

Amazon Omics Analytics の Annotation Store で定義可能なスキーマの型の確認方法

Amazon Omics Analytics へ GFF ファイルをインポートする前に拡張子を確認しましょう

Amazon Omics Analytics に保存したバリアントファイルとアノテーションファイルを Athena から検索してみた

Amazon Omics Analytics の Annotaion Store へファイルインポートに失敗したときの切り分け方法

Amazon Omics を利用するときに役に立つ資料まとめ2023年版

Amazon Omics に登場するデータフォーマットを整理してみた

Amazon Omics Analytics のアノテーションストアへデータ保存時の関連要素を図解してみた

リファレンスゲノムがまだこの世に存在しないけど Amazon Omics Storage へリードを保存したいときに試した方法

Amazon Omics Storage リファレンスストアは圧縮したファイル形式には対応していないためインポートする前に確認しましょう

Amazon Omics Storage マネージメントコンソールからシーケンスストアへインポートジョブの実行方法が改善されました

Amazon Omics Storage と S3 でゲノムデータを保存する場合のコストを比較してみた

Amzon Omics Storage からリファレンスストアを削除するための前提条件を確認してみた

Amazon Omics Storage のリファレンスストアは1リージョンに1つまでの作成上限があります

Amazon Omics の Omics Storage へデータを保存する手順を図解してみた

4K 解像度対応の NICE DCV でリモート接続してみる

BioContainers のイメージが ECR Public で利用可能になりました

ハーバード大学医学大学院様の事例から約230万 vCPU を利用してドッキングシミュレーションを実現した大規模なクラウド HPC 環境を学んでみた

配列解析 NCBI BLAST+ を EC2（Ubuntu 20.04）にセットアップして解析処理を走らせてみた

ゲノムブラウザ JBrowse2 で Gene model track のインポートをしてみた

ゲノムブラウザ JBrowse2 をグローバル IP 制限付きで簡単に Web 公開してみた

AWS ParallelCluster で クラウド HPC を構築し BUSCO を実行してみる

ゲノムブラウザ JBrowse2 を CloudFront + S3 で Web 公開してみた

ゲノムブラウザ JBrowse 2 を Docker コンテナで Web サービスするローカル実行環境を作成してみた

Bioconda のコンテナイメージをベースにツールのインストールと、AWS CLI をインストールしてみる